診所、衛生院、綜合性醫院等醫療機構產生的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。
    對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
    小型污水處理和氯化消毒的典型工藝流程是：來自病區和其他含菌污水 通過排水管道匯集到污水處理站，對于糞便污水應先通過化糞池沉淀消化處理，然后進入污水處理站。處理站設有格柵、調節池、計量池、提升泵和接觸池。消毒劑通過與水泵聯動或與虹吸水混合后，進入接觸池，在接觸池內污水和消毒劑經過一定時間的接觸后達到水質凈化和消毒要求之后排放。化糞池或沉淀池產生的沉淀污泥按規定進行定期消除和消毒處理。